Teenage Mutant Ninja Turtles 3 Mutant Nightmare coloca mais foco no trabalho em equipe, desenvolvimento de personagens e controle do que qualquer outro jogo Turtles para console até hoje. Os jogadores podem jogar como sua Tartaruga favorita sozinhos ou com até três amigos, ganhando pontos de experiência ao longo do caminho enquanto cortam e destroem Foot Ninjas e poderosos e conhecidos chefes do universo TMNT. Esses pontos de experiência permitem que os jogadores melhorem e evoluam as características e habilidades de suas Tartarugas para ataques e movimentos mais variados e poderosos. O Ninja Scroll System é outro novo recurso do TMMT3. Ser capaz de selecionar quais pergaminhos ninja usar permite que as Tartarugas usem várias habilidades especiais estrategicamente.