Em Quantum Theory muitos anos se passaram desde que a Segunda Guerra Mundial infligiu danos catastróficos à raça humana, deixando apenas alguns sobreviventes. Em sua nova comunidade, Cocoon, a vida foi ameaçada por um material negro chamado Erosão, criando um ambiente pós-apocalíptico. Os humanos sobreviventes recrutam uma milícia para derrotar a Erosão e partir para derrotar a maligna Torre Viva. Chegando ao local, está o valente guerreiro Syd, cuja única intenção é destruir a Torre. Ele conhece a bela e misteriosa Filena enquanto ambos ascendem ao topo em busca de respostas.

Neste jogo de tiro e ação hiper-realista, os jogadores vivenciam a ascensão aventureira de Syd e Filena por uma torre traiçoeira, apresentada em um mundo em estilo art nouveau prestes a se tornar pós-apocalíptico, que combina a beleza de temas orgânicos com tecnologia e jogabilidade repleta de ação em Quantum Theory.